ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി 1996 മുതൽ 2016 വരെ 20 വർഷത്തോളം സി.പി.എമ്മിനെയും എൽ.ഡി.എഫിനെയും എല്ലാ തിരഞ്ഞെടുപ്പുകളിലും പരസ്യമായി പിന്തുണച്ചിരുന്നുവെന്ന് കോൺഗ്രസ് നേതാവ് ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് ആരോപിച്ചു. പിന്തുണ ആവശ്യപ്പെടുന്നവരിൽ നിന്ന് ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമിയുടെ മൂല്യങ്ങളോട് യോജിപ്പുണ്ടെന്ന് എഴുതി വാങ്ങിയ ശേഷമാണ് മുൻപ് പിന്തുണ പ്രഖ്യാപിച്ചിരുന്നത് എന്നും പല സി.പി.എം നേതാക്കളും ഇത് കൈപ്പടയിൽ എഴുതി ഒപ്പിട്ടു നൽകിയിട്ടുണ്ടെന്നും അദ്ദേഹം വെളിപ്പെടുത്തി. 1991-ൽ താൻ കോട്ടയത്ത് കോൺഗ്രസ് സ്ഥാനാർത്ഥിയായി മത്സരിച്ചപ്പോൾ, അന്നത്തെ മന്ത്രി ടി.കെ. രാമകൃഷ്ണനെ ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി പരസ്യമായി പിന്തുണച്ചതായി ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് ഓർമ്മിപ്പിച്ചു. അന്ന് 2000 വോട്ടുകളുടെ ഭൂരിപക്ഷത്തിലാണ് ടി.കെ. രാമകൃഷ്ണൻ വിജയിച്ചതെന്നും അദ്ദേഹം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.

1996-ൽ ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി എല്ലാ എൽ.ഡി.എഫ് സ്ഥാനാർത്ഥികൾക്കും പിന്തുണ പ്രഖ്യാപിച്ചപ്പോൾ ദേശാഭിമാനി അതിനെ പ്രകീർത്തിച്ച് മുഖപ്രസംഗം എഴുതിയെന്നും ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് പറഞ്ഞു. 2001-ൽ ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമിയുടെ വിദ്യാർത്ഥി സംഘടനയായ സിമിയെ നിരോധിച്ചപ്പോഴും സി.പി.എം ബന്ധം തുടർന്നു. "ഇന്ത്യയുടെ മോചനം ഇസ്ലാമിലൂടെ" എന്ന രാജ്യവിരുദ്ധ മുദ്രാവാക്യം സിമി ഉയർത്തിയിട്ടും സി.പി.എം അതിനെ തള്ളിപ്പറഞ്ഞില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കുറ്റപ്പെടുത്തി.

2006-ൽ സിമിയുടെ സംസ്ഥാന നേതാവായിരുന്ന കെ.ടി. ജലീലിനെ സി.പി.എം സ്വതന്ത്ര സ്ഥാനാർത്ഥിയാക്കിയാണ് കുറ്റിപ്പുറത്ത് പി.കെ. കുഞ്ഞാലിക്കുട്ടിയെ പരാജയപ്പെടുത്തിയത്. അന്ന് ജലീലിന് ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമിയുടെയും പി.ഡി.പി.യുടെയും പരസ്യ പിന്തുണയുണ്ടായിരുന്നു. വർഗീയ പ്രീണന അടവുനയത്തിന്റെ ഭാഗമായാണ് ജലീലിനെ നാല് തവണ എം.എൽ.എയാക്കാനും വിദ്യാഭ്യാസ മന്ത്രിയാക്കാനും സി.പി.എം തയ്യാറായതെന്നും പിണറായി വിജയൻ നയിച്ച രണ്ട് കേരള യാത്രകളിലും സ്വതന്ത്രനായ ജലീലിനെ ജാഥാംഗമാക്കിയെന്നും ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് ആരോപിച്ചു.

2005 ലെ മലപ്പുറം സമ്മേളനം മുതൽ ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമിയുടെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള മാധ്യമം ദിനപത്രവും മീഡിയവൺ ചാനലും വി.എസ്. അച്യുതാനന്ദനെ പിന്തുണച്ചതോടെയാണ് പിണറായി വിജയനും ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമിയും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം ശിഥിലമായതെന്നും ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് പ്രസ്താവിച്ചു. 2009-ലെ ലോക്‌സഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ പിണറായി വിജയൻ പി.ഡി.പി.യുമായും മദനിയുമായും ബന്ധമുണ്ടാക്കിയപ്പോൾ അച്യുതാനന്ദൻ അതിനെ പരസ്യമായി എതിർത്തു. എന്നാൽ, പിണറായി വിജയന്റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സി.പി.എം അപ്പോഴും ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമിയെ അകറ്റിയില്ലെന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു.

1996 മുതൽ ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി നടത്തിയ ഇഫ്താർ വിരുന്നുകളിൽ അടുത്ത കാലം വരെ എം.എ. ബേബി, വൈക്കം വിശ്വൻ, ഇ.പി. ജയരാജൻ, എളമരം കരീം, എം. വിജയകുമാർ, പി. ശ്രീരാമകൃഷ്ണൻ, കെ.ടി. ജലീൽ തുടങ്ങിയ പ്രമുഖ സി.പി.എം നേതാക്കൾ പതിവായി പങ്കെടുത്തിരുന്നുവെന്നും ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.

ജമാഅത്തെ ഇസ്‌ലാമി യു.ഡി.എഫിന് പിന്തുണ പ്രഖ്യാപിച്ച ശേഷമാണ് സി.പി.എം അതിനെ വർഗീയ സംഘടനയായി ചിത്രീകരിച്ചു തുടങ്ങിയതെന്ന് ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് ആരോപിച്ചു. തങ്ങളെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നവരെ വിശുദ്ധരാക്കുകയും എതിർക്കുന്നവരെ തൊട്ടുകൂടാത്തവരാക്കുകയും ചെയ്യുന്ന അവസരവാദ നിലപാടാണ് സി.പി.എം എക്കാലവും സ്വീകരിച്ചതെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു.