മദനിയെ വെള്ള പൂശാൻ ഇ.എം.എസ് ഗാന്ധിജിയെ മതമൗലികവാദിയാക്കിയെന്ന് കോൺ​ഗ്രസ് നേതാവ് ചെറിയാൻഫിലിപ്പ്. വർഗ്ഗീയ വിഷം വമിക്കുന്ന പ്രസംഗം നടത്തി കേരളത്തിലുടനീളം മുസ്ലീം മത തീവ്രവാദം വളർത്തിയ അബ്ദുൾ നാസ്സർ മദനിയെ വെള്ളപൂശാനാണ് 1994 ൽ ഇ.എം.എസ് മദനിയെ പോലെ ഗാന്ധിജിയെയും മതമൗലികവാദിയായി ചിത്രീകരിച്ചത്. 1995 ജനുവരിയിൽ പിഡിപി ​ഗുണ്ടാസംഘം എസ്എഫ്ഐ നേതാവിനെ ക്രൂരമായി വെട്ടിക്കൊലപ്പെടുത്തിയ ശേഷവും വോട്ടിനു വേണ്ടി മദനിയുമായുള്ള ഉറ്റ സൗഹൃദം സി.പി.എം. തുടർന്നുവെന്നും ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് ആരോപിക്കുന്നു.

അക്കാലത്ത് മദനി ആർ.എസ് എസ് എന്ന രാഷ്ട്രീയ സ്വയം സേവക് സംഘിനു ബദലായി ഐ.എസ് എസ് എന്ന ഇസ്ലാമിക് സേവക് സമാജ് രൂപീകരിച്ചിരുന്നു. പിന്നീടാണ് പി.ഡി.പി എന്ന രാഷ്ട്രീയ പാർട്ടി ഉണ്ടാക്കിയത്.

1996 -ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പിലും പിന്നീടും സി.പി.എം നേതാക്കൾ പി.ഡി.പി യുടെയും മദനിയുടെയും പിന്തുണ നേടിയിരുന്നു. 2009-ലെ തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ പൊന്നാനിയിയിൽ പിണറായി വിജയൻ മദനിയുമായി വേദി പങ്കിട്ടു.

1994-ൽ ദേശാഭിമാനിയിൽ ഇ.എം.എസ് ഇങ്ങനെ എഴുതി:" മതമൗലികതയുടെ കാര്യത്തിൽ സുലൈമാൻ സേട്ടും മദനിയും ശിഹാബ് തങ്ങളും തമ്മിൽ ഒരു വ്യത്യാസവുമില്ല. ദേശീയ പ്രസ്ഥാനത്തിലെ സമുന്നത നേതാക്കളായിരുന്നു സ്വയം ഹിന്ദുക്കളായ തിലകനും ഗാന്ധിജിയും. അവരെല്ലാം മത മൗലികവാദികളായിരുന്നു"

1995 ജനുവരിയിൽ പി.ഡി.പിയുടെ ഗുണ്ടാസംഘം എസ്.എഫ്.ഐ നേതാവും ലോ കോളജ് യൂണിയൻ ചെയർമാനുമായ സക്കീറിനെ ക്രൂരമായി വെട്ടി കൊലപ്പെടുത്തിയ ശേഷവും വോട്ടിനു വേണ്ടി മദനിയുമായുള്ള ഉറ്റ സൗഹൃദം സി.പി.എം. തുടർന്നു. പഴയ ബന്ധം തന്നെയാണ് ഇപ്പോൾ നിലമ്പൂരിലും പിൻതുടരുന്നത്.- ചെറിയാൻ ഫിലിപ്പ് പറയുന്നു.